โรงเรียนบ้านบ่อทรายเดิมชื่อโรงเรียนวัดโดนคลาน เปิดทำการสอนครั้งแรก  เมื่อวันที่  ๑ พฤษภาคม  ๒๔๗๔  โดยมีนายจันทร์  พรรณสุข และชาวบ้าน บ้านโดนคลานและละแวกใกล้เคียง ร่วมกันก่อสร้างตั้งขึ้น  โดยอาศัยกุฏิของวัดโดนคลานเป็นสถานที่เล่าเรียนชั่วคราว ในการเปิดสอนครั้งแรก  นายจันทร์  พรรณสุข  เป็นครูผู้สอน  มีนักเรียน ๒๐ คน ไม่เป็นระบบราชการ เปิดทำการสอนอยู่ได้ ๒-๓ ปี  ก็ต้องล้มเลิกไป

                 ต่อมาพระเหี้ยง  ทีฆายุโก  เจ้าอาวาสวัดโดนคลาน  นายเวียง  คชภักดี  ผู้ใหญ่บ้านหมู่ที่ ๙  ตำบลป่าพะยอม  อำเภอควนขนุน  และชาวบ้านร่วมกันจัดตั้งโรงเรียนขึ้นใหม่อีกครั้งหนึ่ง  เมื่อวันที่  ๑๓  พฤษภาคม  พ.ศ. ๒๔๗๘  โดยเชิญนายขำ  อ่อนเรือง  มาเป็นครูใหญ่  อาศัยกุฏิของวัดโดนคลานเป็นสถานที่เล่าเรียน และตั้งชื่อโรงเรียนเป็นทางราชการว่า  “โรงเรียนประชาบาลประจำตำบลป่าพะยอม ๒  (วัดโดนคลาน)”

                 ปี พ.ศ.  ๒๕๐๖  นายสุชาติ  ศรีแก้ว  พร้อมด้วยผู้ใหญ่บ้าน  กรรมการศึกษา  กรรมการวัดและผู้ปกครองนักเรียนร่วมกันพิจารณาย้ายที่ตั้งโรงเรียนจากที่เคยอาศัยกุฏิวัด  มาสร้างอาคารเรียนชั่วคราวในพื้นที่ปัจจุบัน  และได้ขออนุญาตเปลี่ยนชื่อจากโรงเรียนประชาบาลประจำตำบลป่าพะยอม ๒  เป็น  “โรงเรียนบ้านบ่อทราย”  ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา

                 ปี พ.ศ.  ๒๕๑๑  ได้จัดสรรงบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ  ป.๑ ก.  ขนาด ๔ ห้องเรียน  จำนวน ๑ หลัง  ได้ทำการรื้อถอนไปแล้วเมื่อปี  พ.ศ. ๒๕๓๙  เนื่องจากสภาพชำรุดทรุดโทรมมาก

                 ปี พ.ศ.  ๒๕๑๓  ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ ป.๑ ก. ขนาด ๔ ห้องเรียน ปัจจุบันคืออาคารสายหยุด 

                 ปี พ.ศ.  ๒๕๑๕  ได้รับอนุญาตให้ขยายการศึกษาภาคบังคับ  โดยเปิดสอนถึงระดับประถมศึกษาตอนปลาย

                 ปี พ.ศ.  ๒๕๑๘  ได้รับงบประมาณ ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ  ป. ๑ ก.  ขนาด ๔ ห้องเรียน จำนวน  ๑  หลัง  ปัจจุบันคืออาคารเรียนชบา

                 ปี พ.ศ.  ๒๕๒๐  ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ  ป. ๑ ก. ขนาด ๕ ห้องเรียน จำนวน  ๑  หลัง  ปัจจุบันคืออาคารเรียนพุทธชาด

                 ปี พ.ศ.  ๒๕๒๑  ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ ๐๑๗  จำนวน ๔ ห้องเรียน  แบบใต้ถุนโล่ง  จำนวน ๑ หลัง  ปัจจุบันคืออาคารบานบุรี

                 ปี พ.ศ.  ๒๕๒๖  คณะครู  กรรมการศึกษาและผู้ปกครองนักเรียนได้ช่วยกันหาเงินซื้อที่ดินขยายเนื้อที่โรงเรียนไปทางด้านทิศตะวันตกเนื้อที่ ๔ ไร่ ๓ งาน

                 ปีการศึกษา  ๒๕๓๔  โรงเรียนได้รับอนุญาตให้เปิดขยายโอกาสทางการศึกษาเปิดสอนระดับมัธยมศึกษาตอนต้น

                 วันที่  ๒๕  ตุลาคม  ๒๕๕๙  ทางราชการสั่งแต่งตั้งให้นางสาววีระวรรณ  ทองปันแต จากผู้อำนวยการโรงเรียนศาลาน้ำ  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านบ่อทราย จนถึงปัจจุบัน

                 ปัจจุบัน  โรงเรียนบ้านบ่อทราย  เปิดสอน ๓ ระดับ  คือ  ระดับก่อนประถมศึกษา  ระดับประถมศึกษา  และระดับมัธยมศึกษาตอนต้น  มีนักเรียนจำนวน  ๒๔๒ คน  ผู้บริหารโรงเรียนจำนวน ๒ คน ครูจำนวน  ๑๔  คน เจ้าหน้าที่ธุรการจำนวน ๑ คน และนักการภารโรงจำนวน ๑ คน